La torre- ermita de la Magdalena formaría parte del sistema defensivo del castillo de Almunia de San Juan. En la actualidad  de la Torre de la Magdalena únicamente se conserva su base ,de planta rectangular (7’20 x 5’35 m), asentada sobre roca arenisca, formada por ocho hiladas de piedra sillar de factura muy similar a los restos de los torreones ubicados algunos metros al E-SE de la torre- ermita de la Magdalena. Para la construcción de la ermita este basamento sería recrecido en ladrillo.

El conjunto del castillo nobiliario, que hoy presenta un aspecto desestructurado debido a la presencia de construcciones modernas y a la reutilización de los sillares de las fortificaciones, sería un recinto amurallado de planta rectangular asentado sobre una afloración rocosa de arenisca, flanqueado por la torre-ermita de la Magdalena y en las esquinas por otros torreones (de los cuales se mantienen en pie dos en la actualidad, así como parte del lienzo de muralla sobre el que se adosaron construcciones posteriores).

También se conserva, excavada en una pared de arenisca, la posible puerta original de acceso al recinto, tallada a modo de arco de tosca factura.

Asociado a esta fortificación, y paralelo al camino de la Costera hasta una zona conocida popularmente como la “barbacana”, se encuentra un silo excavado en la roca, así como otra estructura de material de derrumbe que también pertenecería al sistema defensivo.